נוסדה באמצע שנות החמישים ומשתייכת לתנועת פועלי אגודת ישראל.

הרב יוסף הלוי צימרמן זצ"ל, מייסד בית חלקיה, יזם עם חברים נוספים הקמתו של יישוב חרדי. תקופה ארוכה עמלו מייסדי היישוב להשיג את האישורים המתאימים ולגייס חברים בין המעברות ברחבי הארץ ובירושלים. בתקנון שנוסח לרגל הקמת היישוב, התחייבו החברים לשמור על צביון חרדי יחד עם עמל כפיים ועבודת האדמה. בתחילה הם ביקשו לקרוא ליישוב נחליאל, אך יישוב בעל שם זה כבר היה קיים, לכן בחרו בבית חלקיה, שפירושו דומה.
מוסדות החינוך ביישוב הם: ישיבת "שערי שמועות", ישיבת בעלז לצעירים, גנים ומעון יום.
ביישוב 2 בתי כנסת מרכזיים – נוסח אשכנז וספרד. כמו כן, מקווה נשים, מקווה גברים, ספריה וצרכניה.

היישוב עבר פרויקט הרחבה מוצלח ומשפחות רבות התווספו בעשור האחרון וכיום מתגוררים בו כ-1200 תושבים.
רב המושב הוא הרב שלמה פולק.